Pour éviter d’autres Walkerton

Le laboratoire du professeur John Fairbrother met sur pied un système de surveillance internationale de la bactérie E. coli

Le professeur John Fairbrother et l’agent de recherche Éric Nadeau dirigent le laboratoire Escherichia coli.

Le public la connait par son diminutif E. coli, mais son véritable nom est Escherichia coli. Derrière ce nom presque poétique qui pourrait désigner une jolie fleur se cache une famille de bactéries dont certaines sont indispensables à notre survie alors que d’autres peuvent nous être fatales.

Depuis 25 ans, le laboratoire Escherichia coli, fondé par le professeur John Fairbrother, de la Faculté de médecine vétérinaire, étudie les infections par E. coli, les diagnostique et élabore des stratégies de prévention. En mai dernier, le laboratoire recevait un agrément de l’Organisation mondiale de la santé animale en tant que centre de référence dans la recherche sur E. coli.

«Notre rôle est d’observer les développements de la bactérie pour voir venir les nouvelles souches et prévenir les risques d’épidémie autant chez les êtres humains que chez les animaux d’élevage», explique le professeur Fairbrother.

Une mutante intelligente

E. coli est une bactérie très répandue et qui existe sous plusieurs variantes. C’est l’espèce bactérienne dominante de la flore intestinale de tous les animaux à sang chaud, y compris l’être humain, chez qui elle s’installe dès les premières heures de la vie.

«Plus de 95 % des souches de E. coli ne sont pas dangereuses et nous en avons besoin pour vivre, précise Éric Nadeau, agent de recherche au laboratoire. Les 5 % qui restent sont à risque; leurs modes de fonctionnement pour infecter l’organisme varient beaucoup et certaines sont très virulentes. D’autres seront inoffensives pour les animaux mais pathogènes pour les humains.»

Les souches pathogènes peuvent provoquer plusieurs maladies intestinales ou extra-intestinales, comme la diarrhée, la gastroentérite, la méningite, la septicémie, ainsi que des infections urinaires. C’est une de ces souches qui est responsable de la «maladie du hamburger»; c’en est encore une autre qui a fait sept morts en 2000 à Walkerton, en Ontario. Récemment, on apprenait que des épinards infectés avaient intoxiqué plusieurs personnes aux États-Unis et causé un décès.

La bactérie peut aussi causer des ravages dans les élevages. Diarrhée, dysenterie, septicémie, infections urinaires sont observées chez les porcs, la volaille et les bovins, en plus des mammites chez ces derniers. «Chaque organe a son E. coli», lance M. Nadeau.

C’est évidemment à ces souches pathogènes que s’intéresse le laboratoire du professeur Fairbrother et notamment à celles qui comportent un potentiel de risque. «La bactérie E. coli mute rapidement et de nouvelles souches apparaissent régulièrement, souligne le chercheur. Celle qui engendre la maladie du hamburger n’existait pas avant les années 80. Il s’en trouve surement plusieurs autres qui sont proches de cette souche et qu’on ne connait pas. Il faut les découvrir, les étudier et évaluer leur facteur de risque.»

Une colonie de E. coli vue au microscope électronique

Chez le porc, certaines souches sont apparues en même temps à différents endroits sur la planète sans qu’il y ait eu aucun contact entre les élevages. «C’est peut-être dû aux conditions de l’élevage industriel, qui créent de nouvelles conditions biologiques chez l’animal», avance Éric Nadeau.

En plus de muter rapidement, E. coli est très intelligente: elle échange du matériel génétique avec d’autres familles de bactéries. Elle peut ainsi intégrer des gènes de résistance aux antibiotiques, obligeant les chercheurs à concevoir sans cesse de nouvelles armes, comme les vaccins et les probiotiques. «Mais ce sera une lutte sans fin», reconnait Éric Nadeau.

Épidémiosurveillance et prévention

Le programme d’épidémiosurveillance du laboratoire Escherichia coli nécessitera la collecte de toutes les souches pathogènes connues à l’échelle mondiale. À cette fin, l’équipe de chercheurs travaillera en partenariat avec l’Organisation des Nations Unies pour les secteurs de l’alimentation et de l’agriculture et avec les autres centres agréés par l’Organisation mondiale de la santé animale.

«Le défi vient des pays en voie de développement, affirme John Fairbrother. On possède peu de données sur leur situation et il faudra établir des collaborations avec eux.» Ces pays sont également à haut risque à cause des contacts plus étroits entre les populations et les animaux.

La voie de contamination est habituellement le contact avec les matières fécales. L’animal peut être infecté en ingérant de l’herbe ou une autre nourriture souillées; une fois dans son estomac, la bactérie gagne les autres organes du corps si elle n’a pas été éliminée. La contamination peut aussi survenir à l’abattoir lorsqu’on procède à l’éviscération de l’animal. «La bactérie peut demeurer en latence sur la pièce de viande jusqu’à ce que celle-ci soit consommée. Quelques centaines de bactéries peuvent suffire à causer une maladie», indique M. Nadeau.

L’infection peut en outre être occasionnée par de l’eau polluée, comme ce fut le cas à Walkerton, où de fortes pluies auraient contaminé la nappe phréatique en y transportant des bactéries issues de pâturages. Quant aux épinards contaminés aux États-Unis, ils l’auraient été par de l’eau d’arrosage.

Les méthodes préventives se résument aux mesures d’hygiène habituelles, rappellent les deux chercheurs: lavage des mains et cuisson adéquate de la viande et des légumes, tout en accordant une attention particulière aux malades, aux enfants, aux gens âgés et à toute personne dont le système immunitaire serait affaibli.

Dans le cas des enfants, les fermes miniatures comme celles qu’on trouve dans les centres commerciaux à Pâques sont des endroits à éviter, estime John Fairbrother.

Daniel Baril

De gauche à droite, Maurice Junior Dubois, étudiant à la maitrise; Catherine Rivest, étudiante stagiaire (CRSNG); le Dr Fairbrother, directeur du laboratoire Escherichia coli; Jade-Pascale Prévost, technicienne en santé animale; Louise Lafrenière, technicienne en administration; Brigitte Lehoux, technicienne en santé animale; Lisette Beaudoin, technicienne de laboratoire; Clarisse Desautels, responsable de laboratoire; le Dr Nadeau, responsable scientifique du laboratoire; Jacinthe Lachance, technicienne en éditique; Benjamin Delisle, étudiant à la maitrise; Annette Deschênes, technicienne de laboratoire; et Brïte Pauchet, étudiante au doctorat